Každá ninjovská dedina má svojich ninjov, ktorí slúžia na rôzne účely. Samozrejme väčšina úloh je na chránenie mesta, no sú aj misie ako napríklad na pomáhanie iným ľuďom. Väčšinou to stojí nejaké peniaze, no ak je zákazníkom postarší príslušník dediny, môže mu byť odpustené. Ninjovia chodia aj do susedních dedín, a podľa obtiažnosti misie im potom zaplatia. Misie sa radia do piatich kategórií, rozdelených podľa obtiažnosti.
D misie
D misie plnia najčastejšie geninovia. Sú to misie veľmi jednoduché a nenachádzajú sa tam žiadne boje či nebezpečné akcie. Tieto misie sa väčšinou plnia v trojčlennom geninskom tíme spolu s veliteľom – joninom. V týchto misiách majú za úlohu geninovia napríklad chytiť mačku, umyť riad, pomôcť starším ľudom, vyvenčiť psov, či dokonca pomôcť v záhradke.
C misie
C misie sú už trošku zložitejšie ako D misie. Plnia ich ešte stále geninovia, no už tí skúsenejší. Je to vlastne taká príprava na boje. Väčšinou sa tam boje nevyskytujú, no ak by náhodou ninjov prepadli, je tam aj jeden jonin, ktorý boj ukončí. V týchto úlohách musia geninovia napríklad vyprevadiť ľudí do inej dediny alebo doručiť menej dôležité listy.
B misie
B misie sú už dosť zložité a je dosť pravdepodobné, že sa v nich vyskytne boj. Tieto misie už neplnia geninovia, ale skúsení chuninovia alebo neskúsení joninovia. V týchto misiách majú za úlohu doručiť po nebezpečných cestách dôležité zvitky a je tu určité riziko, že sa vyskytne boj s nepriateľskými ninjami.
A misie
A misie sú asi najbežnejšie úlohy ninjov. Tieito misie plnia len joninovia alebo už dokonca aj ANBU. V týchto misiách je bežnou vecou boj. Za úlohu majú ninjovia napríklad zničiť všetkých bojovníkov alebo sledovať skrýšu nepriateľov.
S misie
S misie sú najnebezpečnejšie misie. V kritickom stave ich môžu plniť aj geninovia, pričom kritický stav znamená napríklad invázia na dedinu. V stave núdze dokonca môže plniť misiu aj kage.
V každej dedine je niečo ako hlavný stan, hlavné centrum, kde má kanceláriu kage. Tam rozdeľuje misie rôznym tímom, ktoré kage zapisuje. Niekedy dostane misiu priamo len vodca, no to sa nestáva celkom často.
